В европейской части Советского Союза дольше других на МиГах летал 7-й ИАП Черноморского флота. Еще весной 1944 года одна из эскадрилий полка летала на МиГах.
Совсем по-другому складывалась ситуация на востоке. Авиация Тихоокеанского флота до конца 1942 года получила 57 МиГов-3. 1 января 1944 года авиация флота насчитывала 51 МиГ. Вместе с 44 Яками-7Б и одним ЛаГГом-3 они были единственными представителями истребителей нового типа в регионе. Три из МиГов, эксплуатировавшихся зимой 1943/44 гг., поступили еще в июле 1941 года.
До наших дней не сохранилось ни одного МиГа-3. На протяжении многих лет в помещениях Авиационной Академии в Монино стоял МиГ-3 вместе с самолетами союзников и трофейной техникой. В пятидесятых годах машину отправили на слом. В настоящее время в Монино находится только макет, представляющий собой некую помесь И-230 и МиГа-3.
Кроме Советского Союза, МиГи-3 находились на вооружении еще двух стран. В 1944 году после выхода Финляндии из войны, советское правительство передало Финляндии несколько исправных МиГов. Но получить эти самолеты финны не успели, так как подготовленные к отправке машины были случайно уничтожены в ходе налета союзников.
Другим пользователем МиГов стала Румыния. В 1941 году в руки румын попал по меньшей мере один исправный МиГ, о котором имеется подтвержденная информация. 3 декабря 1941 года на аэродроме в Мелитополе приземлился МиГ, который перегнал через линию фронта украинский дезертир. Самолет включили в состав 19-й разведывательной эскадрильи, где уже находился один И-16. МиГу присвоили тактический номер «2» (номер «1» нес И-16). Румыны летали на этом МиГе долго, самолет дождался «освобождения» советскими войсками в сентябре 1944 года. К этому времени самолет нес характерный для румынской авиации пятнистый камуфляж.
Три МиГа-3 с надписями («За Родину», «За Сталина», «За партию большевиков»), переданные 1 февраля 1942 года в 34-й ИАП ПВО г. Москвы.
МиГ-3, на котором в период боев за Харьков летал командир 148-го ИАП капитан М. Некрасов.
МиГ-3, находившийся весной 1945 года во 2-й ВВАШАМ (Вольская военная авиационная школа авиамехаников).
МиГ-1 «желтая 4» первой производственной серии, конец 1940 года. Звезды с тонким черным кантом в шести позициях.
МиГ-1 «желтая 21» одного из полков ПВО Москвы, 1942 год.
МиГ-1 «желтая 5» из 31-го ИАП, захваченный гитлеровцами в первые дни войны на аэродроме в Ков но. Металлические части планера покрыты зеленой краской более светлого оттенка. Звезды имеются на нижней и верхней стороне крыльев.
МиГ-1, представленный на пропагандистской выставке трофейной техники в Берлине, 1942 год. Консоли крыльев целиком выкрашены желтой краской.